小児科では、さまざまな研究を行っています。
  免疫不全症の診断や遺伝子治療研究、自己炎症性疾患に関する病態解析、遺伝性
血栓症など、全国の施設と共同して研究を進めています。
  日本小児がん研究グループ（JCCG）参加施設として、九州で唯一の小児がん拠点病院として多数の血液腫瘍疾患、固形腫瘍に対する臨床試験および臨床治験を行い、希少疾患、難治疾患の克服に努めています。
  ゲノム解析の進歩に伴い、てんかんに関与する遺伝子の数は、ここ数年で急速に増加しつつあります。同定された遺伝子の機能を解明し、新しい治療に結びつけるための戦略を、患児ご家族と共有していきます。
  九州大学病院を中心としてNICU入院児の検体や臨床情報を共有する多施設共同研究ネットワークを構築しています。微量検体でさまざまな測定を行えるFACSやELISA、蛍光標識を用いた遺伝子解析、質量分析計などを駆使してエビデンスに基づいた周産期医療の提供を目指します。おもな研究項目は以下の通りです。
１）ハイリスク新生児の病態解析
２）九大ハイリスク新生児臨床研究ネットワーク
３）ハイリスク新生児フォローアップ研究
  先天性心疾患の胎児から成人までを含めた診断・治療・予後、川崎病冠動脈瘤、肺高血圧症を合併した先天性門脈体循環短絡症の薬物・カテーテル治療などに関する臨床研究を関連病院と連携して積極的に行っています。
  低身長児の成長ホルモン治療による代謝・免疫・摂食行動の変化についての研究、1型糖尿病についての全国的な多施設共同研究、稀少疾患の臨床症状の解析など多岐にわたる臨床研究を行っています。 川崎病をはじめとした血管炎症候群の原因究明とそれに基づく新規治療・予防法の開発、基礎疾患を抱えるお子さんや新生児の重症感染症の疫学研究、抗MRSA薬のより有効で安全な使用方の研究などを行っています。
  小児腎移植の予後、遠隔期合併症について研究を行っています。低出生体重児、血液腫瘍疾患の治療後、先天性心疾患に関連する腎障害について研究を行っています。
  急性脳症の原因や診断、治療の効果、長期的な予後について、小児神経のグループや院内の検査部などと連携して、研究を行っています。